מקור משנה שבועות א׳:ז׳
7 אֶחָד יִשְׂרְאֵלִים, וְאֶחָד כֹּהֲנִים, וְאֶחָד כֹּהֵן מָשׁוּחַ. מַה בֵּין יִשְׂרְאֵלִים לְכֹהֲנִים וּלְכֹהֵן מָשׁוּחַ, אֶלָּא שֶׁדַּם הַפָּר מְכַפֵּר עַל הַכֹּהֲנִים עַל טֻמְאַת מִקְדָּשׁ וְקָדָשָׁיו. רַבִּי שִׁמְעוֹן אוֹמֵר, כְּשֵׁם שֶׁדַּם הַשָּׂעִיר הַנַּעֲשֶׂה בִפְנִים מְכַפֵּר עַל יִשְׂרָאֵל, כָּךְ דַּם הַפָּר מְכַפֵּר עַל הַכֹּהֲנִים. כְּשֵׁם שֶׁוִּדּוּיוֹ שֶׁל שָׂעִיר הַמִּשְׁתַּלֵּחַ מְכַפֵּר עַל יִשְׂרָאֵל, כָּךְ וִדּוּיוֹ שֶׁל פָּר מְכַפֵּר עַל הַכֹּהֲנִים:
פירוש משנת ארץ ישראל על משנה שבועות א׳:ז׳
7 עפ"י כתב-יד קופמן
8 אחד ישראלים ואחד כהנים ואחד כהן משיח – כוהן משיח הוא זה שנמשח בשמן, הוא הכוהן הגדול. כולם כפרתם שווה במקרה של טומאת המקדש, וכמו ששנינו לעיל. הכוהן המשיח נזכר בכל עדי הנוסח, אבל הירושלמי מעיר "לא תנינן משיח" לג ע"ג; מסתבר שהוא נוסף בגלל החלוקה לשלושה שבמסכת יומא להלן. מה בין ישראלים לכהנים לכהן משוח – ובכל זאת קיים הבדל בין הכוהן הגדול והכוהנים מחד גיסא לבין יתר העם מאידך גיסא. אלא שדם הפר מכפר על הכהנים על טומאת מקדש וקדשיו – בפסוקי התורה המתארים את עבודת הכוהן הגדול ביום הכיפורים מצוינים שלושה קרבנות. בראשון נאמר "וכפר בעדו ובעד ביתו" ויקרא טז ו; בשני חוזרת אותה נוסחה שם יא, ובשלישי: "וכִפר על הקֹדש מטֻמאֹת בני ישראל" שם טז.
9 המשנה הציגה את שלושת הקרבנות הללו למערכת מדורגת. בראשון הוא מתוודה על הפר על עוונות "...ושחטאתי לפניך אני וביתי" משנה, יומא פ"ג מ"ח, בשני מתוודה בשנית על אותו פר: "...ושחטאתי לפניך אני וביתי ובני אהרן עם קדושך" שם פ"ד מ"ב, ובשלישי הוא מתוודה על השעיר המשתלח ואומר: "...ושחטאו לפניך עמך בית ישראל" שם פ"ו מ"ב. אם כן הפר מכפר על כל הקרבנות של הכוהנים, כולל טומאת המקדש, ואילו על עוונות ישראל כולל טומאת המקדש מכפר השעיר. מסורת זו מהלכת בשיטה ששנינו לעיל ששעיר יום הכיפורים הוא המכפר, וכנראה סבורה שלא השעיר החיצוני או הפנימי מטהרים אלא דווקא השעיר המשתלח, או אולי על ישראל מכפר השעיר הפנימי, אבל על עוונות הכוהנים והכוהן הגדול, גם בתחום זה של טומאת המקדש, אין צורך בכפרה נוספת מעבר לזו של הפר.
10 כהן "משיח" או סתם אדם שחטא בחטא כלשהו מתחום "טומאת המקדש וקודשיו" איננו חייב קרבן הוריות פ"ב מ"ד. יננו יודעים כיצד נימקו חכמים תפיסה זו. לדעתנו נועדה הכרעה זו לשחרר את באי המקדש מתחושת חטא אפשרי. הכניסה למקדש היא שמחה וזכות על קיום מצווה אך בד בבד גם עול אדיר של התחייבויות של מצוות, וחששות שמא ישגה המבקר או הכוהן במעשיו. ההחלטה שעוון כזה נמחק באופן אוטומטי, היא חריגה.
11 כוהן משיח הוא הכוהן האוטופי שהיה בימי בית ראשון, בניגוד לכוהן הגדול של ימיהם שלא נמשח בשמן, לא זכה בכהונת עולם הוחלף ברוטציה ונחשב כפגום. נרחיב בכך בפירושנו להוריות פ"ב מ"א.
12 רבי שמעון אומר כשם שדם השעיר הנעשה בפנים מכפר על ישראל כך דם הפר מכפר על הכהנים – אין הבדל בין כוהנים לבין כלל ישראל. הרישא "אחד ישראלים..." היא בעצם לשיטת רבי שמעון, ולפנינו משנה שבה קביעה כללית ואחריה מחלוקת על אותה קביעה. מבנה מעין זה אינו ייחודי למשנתנו. משניות נוספות פותחות בהכרזה הלכתית ואחריה מחלוקת, תנא אחד חולק על הקביעה הסתמית ותנא אחר חכמים מקבל אותה, וההכרזה היא כדעה השנייה באותה מחלוקת. במקרים אלו הבבלי שואל "היינו תנא קמא", או שמפרשיו שואלים זאת. אך נראה שלפנינו עדות לתפר שבין שתי יחידות קדומות: הראשונה הסתיימה בהלכה "ולא בחלב", והשנייה הביאה מחלוקת על אותו נושא. כשם שווידויו של שעיר המשתלח מכפר על על ישראל כך ווידויו של פר מכפר על הכהנים – הווידוי חשוב ומכפר, אך לא על טומאת המקדש אלא על שאר עוונות.
13 בתלמוד הבבלי מובאת מסורת אחרת למחלוקת: "דתניא: ...עם הקהל – אלו ישראל, יכפר – אלו הלוים, הושוו כולן לכפרה אחת שמתכפרין בשעיר המשתלח בשאר עבירות, דברי רבי יהודה. רבי שמעון אומר: כשם שדם שעיר הנעשה בפנים מכפר על ישראל, על טומאת מקדש וקדשיו, כך דם הפר מכפר על הכהנים, על טומאת מקדש וקדשיו. וכשם שוידויו של שעיר המשתלח מכפר על ישראל בשאר עבירות, כך וידויו של פר מכפר על הכהנים בשאר עבירות" יג ע"ב. אם כן החלוקה משוכללת וברורה, כמבואר בטבלה:
14 כפרה לשיטת רבי שמעון
15 בדברי הברייתא רבי יהודה ורבי שמעון יש שיטה מסודרת. לעומת זאת במשנתנו ניכר ערבוב, או טשטוש, בין כפרה על טומאת המקדש לשאר עבֵרות. המשנה פותחת בשאר עבֵרות וממשיכה בטומאת המקדש, וחוזרת שוב לכלל העבֵרות המתכפרות על ידי השעיר המשתלח. בברייתא הדברים מוסדרים וברורים.
16 התפיסה שכל קרבן מכפר על חטאים אחרים ראשיתה כאמור במקרא, בעבודת יום הכיפורים, אך בדברי חכמים היא הפכה לשיטה מחושבת ומשפטית, כך גם כל אחד מבגדי הכוהנים מכפר על עוון אחר. מסורות אלו הן אמוראיות, אך הבסיס התנאי הוא במשנתנו.
17 בתלמודים מובאת לכל הפרק סדרה ארוכה של דרשות לאישוש ההלכות. אנו לא הבאנו דרשות אלו, כפי שאנו נוהגים בכל פירוש המשניות, משום שלדעתנו לא הן אלו שיצרו את ההלכה. עם זאת, יש לציין את ריבוי הדרשות. ראשיתן במדרש תורת כהנים, אך בתלמודים הן רבות הרבה יותר.