מקור משנה תורה, הלכות תפילה וברכת כהנים ז׳:ג׳
3 בְּשָׁעָה שֶׁיִּיקַץ בְּסוֹף שְׁנָתוֹ מְבָרֵךְ וְהוּא עַל מִטָּתוֹ כָּךְ. אֱלֹהַי נְשָׁמָה שֶׁנָּתַתָּ בִּי טְהוֹרָה אַתָּה בְּרָאתָהּ וְאַתָּה יְצַרְתָּהּ וְאַתָּה נְפַחְתָּהּ בִּי וְאַתָּה מְשַׁמְּרָהּ בְּקִרְבִּי וְאַתָּה עָתִיד לִטְּלָהּ מִמֶּנִּי וְאַתָּה עָתִיד לְהַחֲזִירָהּ בִּי לֶעָתִיד לָבוֹא. כָּל זְמַן שֶׁהַנְּשָׁמָה תְּלוּיָה בְּקִרְבִּי מוֹדֶה אֲנִי לְפָנֶיךָ יְיָ׳‎ אֱלֹהַי רִבּוֹן כָּל הַמַּעֲשִׂים בָּרוּךְ אַתָּה יְיָ׳‎ הַמַּחֲזִיר נְשָׁמוֹת לִפְגָרִים מֵתִים:
פירוש כסף משנה על משנה תורה, הלכות תפילה וברכת כהנים ז׳:ג׳
3 בשעה שייקץ בסוף שנתו. כלומר דאף על גב דאמרינן בגמרא ברכות דף ס': כי מתער לימא אלהי נשמה וכו' אין הכוונה כל זמן שייקץ באי זו שעה שתהיה אלא דוקא בסוף שנתו. ומה שכתב רבינו מכאן עד המכין מצעדי גבר כך הם מסודרות בפרק הרואה שם בלשון הזה:
4 וכתב ה"ר יונה ז"ל שנראה מלשון רבינו שמברך אותם על מטתו כסדר שהם כתובים בגמרא וזה תימה שמאחר שאין ידיו נקיות היאך יברך ומה שסידרו אותם בגמרא כך מפני שהם היו קדושים ורוחצים ידיהם בענין שהיו יכולים לומר הברכות בנקיות אבל אנו שאין יכולים ליזהר ולשבת בנקיון כ"כ אין נכון לאומרם עד לאחר נטילה. והא דאמרינן כל הברכות מברך אותם עובר לעשייתן היינו ברכת המצות שאומר בהם וצונו צריך לברך תחלה להקב"ה על מה שצונו וקרבנו לעבודתו אבל ברכות של הודאה ושל שבח כגון אלו יכול לברך אחר כך. ובברכת אשר יצר כתבו ההגהות שיש אומרים שכשנכנס להטיל מים אין מברך אשר יצר כיון שאין צריך ליטול אלא אם כן שפשף אך ר"י היה רגיל לברך אשר יצר אף לקטנים וכן נהגו: